El parque nacional Arrecifes de Cozumel se considera como parte de la barrera arrecifal denominada “Gran Cinturón de Arrecifes del Atlántico Occidental” (también conocido como “Gran Arrecife Maya” y pertenece al “Sistema Arrecifal Mesoamericano”). La isla de Cozumel se encuentra en su mayor parte rodeada de arrecifes de coral, no obstante el área del parque se encuentra comprendida en la mitad sur de la isla, al sur de los muelles internacionales, y rodeando las costas occidente, sur y una porción de la costa oriental. Constituye un recurso natural de gran importancia para la economía regional, ya que en él se realizan actividades recreativas, de conservación, aprovechamiento, educación, difusión y monitoreo.

A una distancia de 40 km, al noroeste, se encuentra el parque nacional Arrecife de Puerto Morelos, y a una distancia de 60 km, al suroeste, se encuentra el parque nacional Tulum.